台南市立圖書館共有六個分館，分別是東區分館、南區分館、中西區分館、安平分館、安南分館、土城分館。總館設有館長一人，設置有閱覽組、推廣組、採編組、總務組、志工隊。另有設置各項諮詢委員會。